En des temps reculés, il existait deux Cités, bâties à l'identique par une race supérieure, les Anciens. Si au tout début, elles cohabitaient pacifiquement, des différents commencèrent à naitre au sein de ce peuple, causant de nombreux affrontements dont la violence décupla à tel point que ce peuple se scinda en deux peuples répartis sur les deux Cités, Atlantis et Eldorado. Le peuple vivant sur cette dernière décida de partir dans une nouvelle galaxie, pour coloniser d'autres mondes et surtout s'éloigner de ces gens autrefois alliés. Malheureusement, trop occupés à se battre les uns contre les autres, les Anciens n'avaient pas remarqué l'émergence des Wraiths et lorsqu'ils le constatèrent, il était trop tard. La Cité d'Eldorado s'était déjà envolée et les Anciens restés sur Atlantis étaient bien trop occupés avec les Wraiths, au point d'en oublier Eldorado et ses habitants et de les considérer comme perdus.

Perdus ils le furent, tous ses habitants furent tués par les Wraiths lorsque ces derniers s'emparèrent de la Cité mais un événement leur causa un problème. Eldorado disposait en effet de l'hyperpropulsion qui fut accidentellement déclenchée et qui les envoya dans une autre galaxie, la galaxie de Zaphyra. Les Wraiths s'y installèrent et ne rencontrèrent que peu de résistance, ce qui leur permit de prospérer durant les 10 000 années qui suivirent. De nombreuses guerres éclatèrent au sein même de ce peuple, notamment à cause du manque d'humains du fait de la croissance de la population Wraith les forçant à "élever" les humains comme du bétail, dans des fermes ou autres installations de ce type. Durant ce temps, ils apprirent également à se servir de l'hyperpropulsion et régulièrement retournèrent dans la galaxie de Pégase pour enlever des humains afin de diversifier la lignée "humaine" et éviter tout appauvrissement dans leur nourriture. Tout cela aurait pu continuer des siècles et des siècles si les Wraiths n'étaient pas tombés sur une équipe terrienne lors de leur dernier passage dans la galaxie de Pégase...

En effet, ils ignorent tout de ces gens qui contrairement aux humains de la galaxie de Zaphyra savent se battre et ne se laissent pas faire. Cette équipe est dirigée par le lieutenant-colonel Beckett et comprend des civils, des militaires mais aussi des scientifiques. Dans leur cellule ils font la connaissance d'un peuple de Pégase qu'ils connaissent assez bien, les Athosiens. Ils comprennent rapidement qu'ils sont liés à Teyla, car leur leader n'est autre que sa jeune sœur Séraya Emmagan, disparue depuis des années. Ensembles, Terriens et Athosiens réussissent à s'enfuir de leurs cellules et prennent les armes avant de reprendre la Cité, tuant tous les Wraiths, la reine y compris. Désormais en fuite, Adam Beckett pilote la Cité, dans l'espoir de rejoindre Pégase et Atlantis mais la Cité, qui n'a pas volé depuis des siècles, a des pannes et s'il peut la faire voler, il ne peut pas engager l'hyperpropulsion. Il décide donc de rejoindre une autre planète, Elaatris, aux confins de cette galaxie afin d'échapper aux Wraiths qui règnent en maitres sur la galaxie.

Coupés de leurs camarades et familles, ces deux peuples doivent s'unir dans l'espoir de sauver les humains de la barbarie des Wraiths mais aussi pour pouvoir rentrer chez eux...